以下ストーリーの個人的な考察と解説です
【ネタバレそのものです】
・実験体デルタ(英名:Subject Delta)
本作の主人公.BigDaddyの一つ.手袋にはΔマークがついている.1体しか製造されていない.1958年までリトルシスターエレノア・ラムのBigDaddyだったが、エレノアを保護中にスプライサーにダディ催眠をかけられエレノアの母であるソフィア・ラムに銃で頭を撃ち自殺するよう命ぜられる.銃声とともに記憶はそこで終了している.
それから10年後テネンバウムの「Can you hear me?」という呼び声で再び目覚める.体はすでに老朽化が始まっている.時間は限られている.
【ネタバレ】実験体デルタは既に肉体が死んでおり頭は銃により砕け散っているただの死体.それをエレノアがリトルシスターを操ってADAMを注入し、肉体をVita-Chamberにより蘇生させたに過ぎない.意識は脳ではなくADAMを媒体に意識をもっているだけである.だが、本人はそのことに気付いておらず、自分の娘と信じるエレノアを救出することに全力を尽くす.
接触する人間からは死んでいることことを示唆する言葉が飛び交う.
＞ソフィア・ラム"among the dead" グレイス"dead monster"など
ソフィア・ラムからエレノア・ラムを救出し彼女とともに崩壊するラプチャーからシンクレアの脱出ポッドで脱出に成功する.しかしラプチャーを離れ、ソフィア・ラムの仕掛けた爆弾の威力で肉体は崩れ、海面に出た後、エレノアにADAMを抜き取られ、精神肉体ともに死を迎える.
NeutralEDでは自殺するか決められる.いずれにせよ全てのEDで死ぬ
・エレノア・ラム（Elenoa=Lamb)
デルタの保護していた元リトルシスターでソフィア・ラムの娘.Deltaのことを「ファーザー（父さん）」と呼び助けを求める
【ネタバレ】Deltaはエレノアの父ではなく彼女が父親と言う存在と自らを母の檻(Cage)から解き放つ存在として蘇らせたもの.彼女自身は昏睡状態にありDelta内にある自分のADAMやリトルシスターを操ってラプチャーからの脱出を試みている.リトルシスターだったため、BigSisterのスーツを着ていないと活動出来ない.幼少の頃からIQが高く、非常に優秀成績を納め、ラプチャーの救世主となることを母ソフィアから期待されていたが拒絶.
最後はシンクレアの脱出ポッドで崩壊するラプチャーから脱出する.どのEDでも生存する
・テネンバウム
デルタの存在に気づくのはADAMやリトルシスターを発明したテネンバウム（前作登場）であった.デルタの頭についているカメラでデルタの様子を監視することができる.テネンバウムは前作の後も、自分の犯した罪を償うため、ラプチャーのリトルシスター救助を続けている.テネンバウムからデルタは「助けを求める声の主」がエレノアであることを告げ、彼女を救助することが使命だと伝え姿を消す.リトルシスターの救出も求める
・シンクレア(英名：Sinclair)
本作のもう一人の主人公
白のカッターシャツに釣りズボンの紳士な男性.飄々とした性格で、気のおけない性格.
前作の劇場の地下１Fでシンクレア酒店を営んでいた人物でもある.デルタとエレノア救出という点で利害が一致し協力を要請する.最初はRayanAmusement駅で隔壁が凍結されており格納庫に身を潜めている.デルタがインフェルノで氷を溶かすと姿を表す.後、デルタを音声で様々な面で支援する.
【ネタバレ】実は脱出ポッドを用意しておりエレノアとの脱出を試みていた？しかし待ち合わせ場所には来ることができず、最終的にはソフィアに捕まる.捕まった後、直ちにAlphaに改造され、自らの意志では行動出来ない体になってしまう.ソフィアに操作され脱出ポッドの隔壁の解除キーを握って逃避する.エレノアも彼が母に改造され助からないことに気づき、シンクレアのAlphaの機体を破壊することで魂の救済をはかる.シンクレア本人も自らの運命を悟り、最後は自らを殺害してくれたデルタとエレノアに感謝を述べる.
シンクレアは最後のアルファシリーズとなる
・ソフィア・ラム(英名：Sophia=Lamb)
黒縁眼鏡をかけた女.本作の諸悪の根源とも言える存在.デルタの存在を熟知しており、行く手を阻む.
【ネタバレ】アンドリュー・ライアンの死後、無法地帯無秩序化すると思われたラプチャーを見事にひとつにまとめ上げた女性.ドクター（博士号）の資格も持つ政治もできる科学者.ラプチャーを家族と呼ぶことでスプライサー達や一般市民を一致団結させている.デルタをラプチャーの暴君と呼称する.犯罪者には刑罰と称して様々な残酷な人体実験を施している.
エレノアを溺愛しており彼女と暮すことだけを生きがいとしている.そのため、エレノアを檻から救出しようとする存在を敵視し全力で排除しようとする.エレノアがデルタを操作していること、デルタが彼女のADAMだけで動いていることに気づいていたが、溺愛しているゆえにエレノアを殺害することが出来なかった.エレノアが自分の元に帰らないと悟った彼女は、最後はラプチャーを爆破し海底に沈め、本人はシンクレアの脱出ポッドでちゃっかり逃げようとする.まさに屑人間ｗｗｗ
エンディング（ED）では水の流れ込んだポッド内で苦しむ.BigSister化したエレノアに酸素ボンベを与えられ助かるEDと、足を引っ張られもがき苦しみ死ぬEDの２種類が存在する.
・グレイス(英名：Grace）
白いコートと帽子に身を包んだ足の悪い初老の黒人女性.エレノアの乳母か養育係的な存在でありソフィア同様、デルタをエレノアをラプチャーから盗む存在だと敵視する
【ネタバレ】殺害可能
・サイモン神父(英名：Simon)
長いヒゲを蓄えたロシア人風の神父.ADAMを神の血・奇跡と崇拝しており、エレノアとリトルシスターを奪うデルタを敵とみなし、列車に魚雷を撃ち込んだりして全力で排除にかかる.ADAM狂信者
【ネタバレ】セキュリティ・ポッドを操るSpiderSplicerの強固体.信者とともに強襲するもデルタに倒されて死ぬ
・スタンリー(英名：Stanely)
ディオニソスの駅に身を潜めている痩せた男性.デルタにチケットの代わりにリトルシスター排除を依頼.
【ネタバレ】自分の金をMADPARTY（乱交パーティ）につぎ込み、それが原因で散財自滅した.それでもこりなかった為、リトルシスターやエレノアからADAMを奪おうとするも失敗し排水バルブを破壊することでデルタに濡れ衣を着せた？
ソフィア・ラムが駅のセキュリティルームの鍵を操作して開きデルタに復讐を促す.殺害可能
・ギルバート・アレクサンダー(英名：Ghilbert=Alexander)
1967年に撮った写真と録音の音声データでしか存在しない科学者.BigDaddyの開発責任者.デルタにソフィアの野望の阻止を依頼する.デルタが扉を開くなど一定の条件を満たすと次の記録を再生することで指示を促す完全にプログラムの様な存在.音声キーワードは「アグネスデイ(Agnes dei)」
デルタも彼の研究所で作られたためギルバートがデルタの改造手術に携わった
・アレックス・ザ・グレート（英名：Alex=the Great)
ギルバート・アレクサンダー同様、目の移ったモニター付きのセキュリティポッドと音声でしか登場しない（セキュリティポッドはエレクトロボルト発することが可能）デルタがギルの音声キーで扉をあけようとすると歌をうたったり、エレクトロボルトを発し邪魔する
【ネタバレ】ギルバート・アレクサンダー(英名：Ghilbert=Alexander)とアレックス・ザ・グレート（英名：Alex=the Great)は同一人物（ジギルとハイドのような存在）.Alexは察しの通りAlexanderの略称、愛称.ギルバート・アレクサンダーは有能で知的で理性的な科学者であったが人体実験によりADAMの入った培養水槽内に入れられ巨大化.水槽内からでられない醜い巨大な赤子の化け物と化した.それと同時にADAMの影響で理性が奪われ生き延びることに執着するアレックス・ザ・グレートとなり、もはや別人格の存在となる.ギルバート・アレクサンダーはこうなることを予想していたので実験体デルタが研究所を訪れるとスキャンにより音声ガイダンスがでるように1967年にオーディオダイアリーにメッセージを収めた.遺伝子サンプルとカードキー入手後、ギルバート・アレクサンダーに感謝を述べられたあと全てを終わらせてくれと言われる.ボタンを押すと培養水槽内に電撃が流れ殺害可能
ちなみに実績のGilとはギルバートの略称.わかりにくい
ビッグシスター(英名：Big Sister)
Splicerから直接ADAMを吸い出すことができる.通常は黒スーツに赤い瞳.エレノアだけは白に青の瞳
【ネタバレ】リトルシスターの成れの果て.成長するとADAMAの影響で自我を抑制できないモンスターと化す.回避させる方法は眠らせること.眠った状態でもスーツをきると活動が可能.
リトルシスター(英名：Littel Sister)
前作でテネンバウムが語っている通り.体内にADAMを再利用できるウミウシを飼っており、死体からADAMを採取しては飲んでADAMを精製する
イート・ドッグ(英名：Eat Dog)
